Почему-то последняя версия GD::Graph (1.44) при отрисовке двушкальных графиков, когда выводится два массива данных на одном графике, но с разными шкалами, решает править интервалы граничных значений для наборов данных, передаваемых в y1_max_value, y1_min_value и y2_max_value, y2_min_value. Чтобы отучить её так делать достаточно в 1603 строке в GD::Graph::axestype заменить
if ($self->{two_axes})
на
if (0)